Гимназия "Лидер" работает по УМК "Школа XXI века". «Начальная школа XXI века» - это система учебно-методических комплектов для 1-4 классов общеобразовательных учреждений, которая обеспечивает достижение требований к результатам освоения основной образовательной программы начального общего образования. В образовательной программе 5-8 классов, как и в начальной школе, сделана большая ставка на углубленное изучение предметов. Еженедельно гимназисты посещают обязательные дополнительные занятия по русскому языку и математике. Программа основана на авторской линейке учебников.
Еще одну ставку гимназия делает на изучение иностранных языков: с 1 класса гимназисты ежедневно занимаются английским языком; после третьего класса мы предлагаем возможность отправить детей на двухнедельное обучение/стажировку в Лондон или на Мальту; начиная с 5 класса, в программу вводится китайский язык; в 10-м классе подключается группа европейских языков: немецкий, французский или испанский на выбор. Гимназия является официальным центром по подготовке к Кембриджским экзаменам (Cambridge ESOL exam Preparation Centre).